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Schrödinger 把基于物理的分子模拟软件卖给做药和做材料的研究人员，核心是 FEP+，它用于先导优化的自由能模拟工具；同一套平台也被用在合作与自有的药物项目上，换回里程碑、特许权使用费和股权。研报在 19.02 美元的股价上给出持有评级，判断是软件特许经营权本身是持久的，而账面上的那条盈利流不是。
2026 年第 2 季度就是例子。净利润 600 万美元，但里面装着 4590 万美元的权益投资公允价值收益，外加一笔 1000 万美元的 Ajax 里程碑。剔除这些投资收益，经营业务亏损 4150 万美元，离持续性盈利还差得远。账面软件收入正在下滑，原因是一次性确认的本地部署许可正在转成按期分摊确认的托管合同，所以研报转而依靠 ACV，也就是当期开票的合同价值：第 2 季度 ACV 增长 27%，全年 2.18 亿至 2.28 亿美元的指引仍对应 10% 至 15% 的增长。佐证只是部分成立。商业客户的净留存率，也就是存量客户支出的变化，2025 年从 113% 降到 100%，所以并非每一个百分点的 ACV 增长都代表需求在加速。
护城河体现在客户行为上。2025 年全球前 20 大药企的全部 20 家都持有 Schrödinger 的软件许可，这些买家很专业，也有别的选择可挑。底下沉淀的是数十年的力场校准与工作流整合，光靠买 GPU 复制不快。脆弱之处在财务而不在科学：对手不必在技术上打败 FEP+，只要让够用的模拟便宜到溢价被侵蚀就够了。
估值是研报收住手的地方。6 月以来的涨幅大部分是重估：企业价值对过去四个季度 ACV 的倍数从大约 3.8 倍升到约 4.9 倍，远远跑在合同基数前面。研报的 SOTP，也就是分部估值，软件按 ACV 倍数计价、药物资产按风险调整后现值计价，保守情景每股约 18.7 美元，中性情景约 24.3 美元。19.02 美元的股价已经高于保守情景，保守口径下没有安全边际；而仅仅是软件倍数下移，就足以在不出现任何科学失败的情况下抹掉中性情景的上行空间。
最重的风险是烧钱和估值倍数压缩。2026 年上半年经营性现金消耗 4890 万美元，股权激励在不断增加股数，而归一化后的所有者收益仍为负；事前验尸给出的亏损路径，也就是 ACV 增速掉到低个位数、2028 年调整后 EBITDA 目标落空，对应大约 40% 至 50% 的最大亏损。研报认为，对已经持有的股东来说，扛过这段转型是站得住脚的；而新建仓位应当等到价格显著更低，或者风险进一步出清，理想买入区间是 13 至 15 美元。以上为研报观点的归纳，不构成投资建议。股市有风险，入市需谨慎。
导读Schrödinger 把 FEP+、LiveDesign 这类基于物理的分子模拟软件卖给全球前 20 大药企的全部 20 家，同时用同一套引擎去做合作与自有的药物项目，换取里程碑、特许权使用费与股权。2026 年第 2 季度 600 万美元的净利润几乎全部来自 1000 万美元的 Ajax 里程碑和 4590 万美元的权益公允价值收益，下面压着 4150 万美元的经营亏损；而更干净的需求指标年度合同价值（ACV）当季增长 27%，全年指引为 2.18 亿至 2.28 亿美元。评级持有：19.02 美元的股价对应约 10.2 亿美元企业价值，是过去四个季度 ACV 的 4.9 倍，而 6 月时约为 3.8 倍，软件特许经营权已被充分定价，理想买入区间落在 13 至 15 美元。
正文价格为研报发布时数据；最新实时价见上方估值带。
元信息
- 标的代码：SDGR.US
- 公司：Schrödinger, Inc.
- 股价与市值：19.02 美元，为 2026-09-11 收盘价；市值约 14.4 亿美元。
- 计价货币：美元
- 报告日期：2026-09-12
- 行业：计算药物发现
- 一句话定位：基于物理的分子模拟软件厂商，拥有高毛利的授权业务基本盘，并以合作和自有药物项目创造里程碑、特许权使用费与股权层面的期权价值。
研究范围：一次独立复研，基准日为 2026 年 9 月 12 日，在均衡的风险视角下覆盖未来 12 个月与 3 至 5 年的时间跨度。研究取材于目前可得的最新 SEC 申报文件、公司公告、同业当前披露与市场数据，并明确对 2026 年 6 月 5 日的内部观点重新检验，而不是直接沿用。本次复研所用的资料环境无法访问被点名的内部同业研报，因此下文的同业工作全部依据公开的一手披露重建。可用的最新股价锚点是 2026 年 9 月 11 日的收盘价，因为 9 月 12 日是周六。
研究摘要与范围
把 Schrödinger 理解成共用同一套科学引擎、同一张资产负债表的两门生意，是最贴切的。第一门是商业化的分子模拟软件业务，向制药、生物科技、材料和学术客户销售计算化学工具，其中 FEP+ 是其基于物理的先导优化主张的核心，LiveDesign 则是协同信息学层。第二门是组合型业务。Schrödinger 把同一个平台对准合作与自有的药物发现，收取研究经费和里程碑付款，保留特许权使用费或其他项目层面的经济权益，有时还会在那些围绕它参与发现的资产设立起来的公司里持有股权。第二类活动可以带来非常大额的现金变现。它的时点与订阅制软件几乎毫无相似之处。
真正可持续的资产是软件业务；报表上的盈利流还谈不上可持续。 自 6 月那篇研报以来，这一区别只变得更加清晰。
最新一个季度乍看是盈利的：2026 年第 2 季度营收 5890 万美元，净利润 600 万美元。再看这笔利润是怎么来的。药物发现收入中，有 1000 万美元来自 Ajax Therapeutics 的合作里程碑款；其他收益中则包含 4590 万美元的股权投资公允价值变动收益。Schrödinger 自己表示，本季度的利润主要与礼来收购 Ajax 所涉的 5720 万美元现金付款有关：其中 4720 万美元对应 Schrödinger 持有的股权权益，1000 万美元为合作里程碑款。在计入这些非经营性投资收益之前，经营业务亏损 4150 万美元。
研究简报把这 1000 万美元里程碑款标注为盈利质量的威胁，这是对的。彻底清算之后的结果更为严苛。仅剔除这一笔里程碑款，并为便于说明假设它不带来任何增量营业成本或税负，报表上 600 万美元的净利润机械推算就会变成约 400 万美元的亏损。这个调整后的数字里仍然包含 4590 万美元的股权估值收益。把投资重估也一并剔除，隐含的税前亏损约为 4850 万美元，但受制于已披露的成本分摊局限。精确的调整后净利结果无法还原，因为 Schrödinger 并未单独披露与 Ajax 里程碑款直接对应的成本。结论并不取决于这个缺口：第 2 季度距离经常性盈利还差得很远。
这些都不意味着里程碑款是偶然的意外之财。它们是被有意设计进 Schrödinger 合作模式的经济架构之中的。2025 年末，公司有 16 个在研项目具备获取特许权使用费的资格；管理层表示，药物发现组合自 2020 年以来已产生逾 6.5 亿美元现金，并承载着接近 50 亿美元的潜在未来里程碑款。到 2026 年 9 月 9 日宣布成立 Tectora Therapeutics 时，Schrödinger 表示其各项合作累计带来了逾 7.5 亿美元的所得。这些数字确立的是变现的反复发生。它们并不能把这些所得变成软件意义上的经常性收入：每一笔付款都以某项交易、研究结果、开发事件、监管事件或销售门槛为条件。所以正确的估值处理方式是对整个组合做期望现值，而不是套用经常性盈利倍数。
第二个问题是向托管软件的转型。眼下报表上的软件收入单独拿来读，并不能很好地反映需求，因为本地部署的多年期许可可以在前期确认大额收入，而托管协议的收入确认更接近按期分摊。Schrödinger 明确表示，这一转型改变的是收入确认时点，ACV 和现金流并不受影响，并预计到 2028 年大部分合同都将转为托管安排。托管合同占 2025 年软件收入的 23%，2024 年为 20%；在 2026 年第 2 季度软件收入中占 47%，上年同期为 31%。
管理层还描述过一个近似的年度收入确认敏感度：托管占比每上升一个百分点，年度收入确认约减少 200 万至 300 万美元。这一条要小心处理。如果机械地套用到第 2 季度托管占比同比 16 个百分点的变化上，就意味着单季收入拖累达 3200 万至 4800 万美元，而第 2 季度软件收入合计不过 3250 万美元，这显然不成立。这个敏感度是年度、组合层面的桥接口径，不是用来重述单个季度的公式。ACV 才是更好的同口径需求指标。2026 年上半年 ACV 约 5800 万美元，较上年上半年高出约 19%；第 2 季度 ACV 为 2960 万美元，增长 27%，剔除贡献 ACV 后的第 2 季度 ACV 为 2260 万美元，增长 23%。全年 ACV 指引仍为 2.18 亿至 2.28 亿美元，相当于在 2025 年 1.985 亿美元的基础上增长 10% 至 15%。
这也澄清了围绕被广泛引用的 2960 万美元第 2 季度 ACV 数字的那个表面矛盾。2960 万美元并不是什么神秘的「仅托管」或「新增业务」子指标。它就是公司第 2 季度报告期的总 ACV；2.08 亿美元是过去四个季度的 ACV；2.18 亿至 2.28 亿美元则是 2026 年全年指引。Schrödinger 对 ACV 的定义是：对于一年期或一年以内的合同、以及按年计费的多年期合同，取当期已开票的合同金额；对于前期一次性开票的多年期合同，则把开票总额按合同期限分摊。公司明确警示，ACV 独立于 GAAP 收入，既不是年化的 GAAP 收入，也不是收入预测。这些数字之所以不同，是因为统计期间不同，也因为续约有很强的季节性。
ACV 背后的商业化证据，比头条收入的下滑要好看。2025 年，前 20 大药企客户群贡献 ACV 8080 万美元，增长 15.3%；商业客户 ACV 增长 7.0% 至 1.774 亿美元；年支出超过 100 万美元的商业客户，平均 ACV 从 330 万美元升至 390 万美元。毛留存率维持在 96%。与之相对，净留存率从 113% 降至 100%，年支出超过 100 万美元的商业客户数量从 29 家降至 27 家，尽管其中有两家原客户是被收购了。这些证据支持的是大客户内部的使用深化，而不是一场全面铺开的、SaaS 式「先落地再扩张」的加速。
前篇有一条承重断言在核查后变得更好。2025 年最新的年度披露称，按 2024 年收入排名的全球前 20 大制药公司，全部 20 家都已获得 Schrödinger 解决方案的授权。此前「20 家中有 19 家」的说法已不是当前口径。
前篇的另一条断言，即约 7 亿美元的「Nimbus、Morphic 与 Ajax 累计变现」，需要更多订正。一手披露并不支持把这 7 亿美元当作来自这三家公司的股权变现。已披露的、由股权分配和出售所产生的现金要小得多。Schrödinger 自己更宽口径的表述，指的是来自药物发现、合作与业务发展活动的现金或所得。这个口径里包含合作的前期现金，比如 2020 年来自百时美施贵宝的 5500 万美元和 2025 年来自诺华的 1.5 亿美元，也包含里程碑款、股权处置和其他项目经济权益。到 2026 年 9 月，公司所述的累计金额已超过 7.5 亿美元。这份记录是好记录，但标签很重要：经常性的合作经济，与一笔已增值股权的出售，估值特性截然不同。
前篇之后有两项进展改善了战略图景。Schrödinger 的智能体式 AI「协作科学家」Bunsen 于 7 月进入早期试用；完整商业版本预计在 2026 年末推出。截至本次研究的基准日，没有披露单独定价，没有 Bunsen 的 ACV，也没有单独报告的收入。把它当成一门已经成型的增长业务，为时尚早。
百时美施贵宝这项协议的分量更足。它于 8 月 5 日宣布，是一份战略软件协议，将在 BMS 整个研究组织内部署 Schrödinger 的平台和 Bunsen，双方还将共同推进 Bunsen 的新功能、大规模化学探索以及 RetroSynth。合同期限、ACV 和财务对价均未披露。不要把它与两家公司 2020 年的药物发现合作混为一谈，后者带有 5500 万美元的前期付款和最高 27 亿美元的潜在里程碑款。就已披露的事实而言，2026 年这笔交易是一次企业级软件部署；既有的药物发现合作关系是另外一回事。
Tectora 为这套组合模式又添了一块拼图。9 月 9 日，Schrödinger 宣布与 NEA 和 RA Capital 共同创立了这家免疫与炎症领域的公司。Tectora 完成 5500 万美元 A 轮融资；Schrödinger 投入了 SDGR-4594 和 SDGR-8139 两个早期项目，换取股权以及未来的里程碑款和特许权使用费。持股比例和账面价值未予披露。这笔交易在保留上行空间的同时，压低了这些资产所需的直接资本投入，正是让 Nimbus、Morphic 和 Ajax 产生财务价值的那套模式。
股价已从 6 月 5 日内部锚定的 15.85 美元，涨到 9 月 11 日的 19.02 美元，涨幅 20.0%。这段时间里业务确实在改善：Ajax 交易完成并把一笔股权换成了现金，第 2 季度 ACV 表现强劲，BMS 验证了大规模企业级部署，Bunsen 进入早期试用，Tectora 又提供了一个为 Schrödinger 自研资产引入外部融资的例子。不过，一次粗略的企业价值桥接显示，股价的这波上涨更多来自估值重估，而不只是软件 ACV 的增长。用此前 15.85 美元的股价、约 7400 万股股本、第 1 季度接近 4.06 亿美元的流动性，以及约 2.01 亿美元的滚动 ACV 计算，EV/ACV 倍数约为 3.8 倍。在 19.02 美元的价格下，用 14.4 亿美元市值、6 月 30 日 4.188 亿美元的流动资源和 2.08 亿美元的滚动 ACV 计算，倍数约为 4.9 倍。这相当于估值倍数扩张约 28%，而滚动 ACV 的环比增长只有约 3.5%。这个计算必然是近似的，因为现金数据的基准日期不同，而且没有对私募投资做估值标记。它确立的是方向。
复研之后的画像，是一家处在转型之中的公司：经常性的软件经济正变得更干净，而会计口径的收入暂时变得更难看，同时管理层正越来越多地把药物管线的资本负担外部化。
这比一个建立在「AI 药物发现」之上的故事，实质上要扎实得多。Schrödinger 的核心技术主张起点是分子力学和统计热力学：FEP 通过模拟分子体系、对相关配体之间的变化进行采样，来估计相对自由能差。机器学习类药物发现平台通常是从训练数据、高维生物数据或习得的分子表征中推断出有用的关系。Schrödinger 自己也在越来越多地使用 AI，但 FEP+ 的差异化仍然在于它基于物理的真值基础。公司在市场推广中称，FEP+ 在广泛的验证研究中具备约 1 kcal/mol 的预测精度。前 20 大药企的商业化采用，是其实用价值的有力证据。公开证据无法确立的，是一个受控的、全行业范围的因果结论，即 Schrödinger 的客户比使用竞争性方法的用户拥有更高的临床成功率。
就估值而言，这种双重身份让常规市盈率几乎失去意义。在 19.02 美元的价格下，市值为 14.4 亿美元。6 月的流动性为 4.188 亿美元，且没有实质性的传统有息债务，因此在计入租赁负债之前、在确认投资持股价值之前，粗略的企业价值为 10.2 亿美元。对照 2.08 亿美元的滚动 ACV，相当于 4.9 倍 ACV；对照 2026 年 ACV 指引的中值，约为 4.6 倍。这已经接近专业软件同业的估值区间。所以这只股票看上去并不是「因为比 2021 年高点低了 83% 而便宜」。它看上去大致是按一门不错的软件业务定价的，在为未来的现金消耗预留之后，留给管线期权价值的显性空间相对有限。
这个 83% 的数字本身也值得单独看一看。历史收盘最高价是 2021 年 3 月 1 日的 113.09 美元；当前的 19.02 美元比它低 83.2%。2021 年的价格，是在一个对长久期生物科技与科技资产异常宽松的市场中形成的。与那个高点之间的距离，说明不了今天的公允价值。
纵向历史、财务演进与资本市场叙事
早在「AI 药物发现」成为公开市场上的一个板块之前，Schrödinger 就已经是一家科学软件公司。Richard Friesner 与 William Goddard 于 1990 年创立公司，把学术界的计算化学积累带进一场商业化尝试，目标是让一线科研人员真正用得上分子模拟。第一笔软件销售发生在 1992 年，客户是 Brookhaven National Laboratory。这个出身很重要：药物研发组合是叠加在既有工具业务之上的，而不是公司当初存在的理由。
它的历史可以自然地划分为五个阶段。
第一个阶段，是从 1990 年延续到大约 2000 年代末的漫长软件验证期。产品是科学基础设施：力场、分子力学、分子对接、量子化学、可视化，以及后来更复杂的自由能计算。客户买的是更好的计算预估值，好让需要实际合成和实验验证的化学物质更少。护城河积累得很慢，靠的是代码、力场校准、工作流集成，以及受过该软件训练的用户。当时公开市场没有任何力量，逼着公司把每一项科学进展都包装成一个新叙事。
第二个阶段，是更强的预测平台成型，以及公司决定直接参与分子本身的经济利益。FEP+ 及相关工作流，让 Schrödinger 把越来越强的算力转化为化合物排序，其准确度足以在先导优化阶段前瞻性地派上用场。公司没有把自己限制在工具授权上，而是开始把这些工具用于合作项目和联合创办的企业。Nimbus 是最典型的例子：Schrödinger 参与搭建了一家由计算驱动的发现公司，保留了经济权益，并在资产出售时拿到了现金。Relay、Morphic、Ajax、Structure 等企业延续了这一模板。逻辑很简单。如果软件确实实质性地改善了发现效率，那么以几百万美元的价格把它授权出去，只能拿到其中很小一部分经济价值。股权、里程碑与特许权使用费，则让 Schrödinger 对成功分子保留了一份索取权。
第三个阶段，是 2020 年的 IPO 与市场重估。Schrödinger 于 2020 年 2 月 5 日以 17 美元为 IPO 定价，高于指导区间，在超额配售选择权行使之前发行约 1190 万股、募资总额约 2.02 亿美元；2 月 6 日开始交易。承销商选择权全额行使后，总发行量升至约 1360 万股，募资总额约 2.32 亿美元。按 IPO 后的股本计算，这意味着约 11 亿美元的股权价值。
公开市场的故事很快变得远比软件本身宏大。2020 年收入 1.081 亿美元，软件收入 9250 万美元，软件毛利率 81%，ACV 总额 9210 万美元。与此同时，公司正在扩张自有管线，手里握着 Relay、Morphic 等公司不断升值的股权，并且刚刚与百时美施贵宝签下一份发现合作协议，首付款 5500 万美元、潜在里程碑款最高 27 亿美元。在一个愿意用激进倍数去资本化遥远生物科技与平台期权价值的零利率市场里，股价最终在 2021 年 3 月 1 日收于 113.09 美元，超过 IPO 价格的 6 倍。
第四个阶段是 2022 年至 2024 年，市场当初为之付费的东西在这一阶段受到检验。收入在增长，软件尤其如此，但研发支出涨得快得多。总收入从 2022 年的 1.81 亿美元增至 2023 年的 2.167 亿美元，2024 年又回落到 2.075 亿美元。软件收入则持续攀升，从 2022 年的 1.356 亿美元到 2023 年的 1.591 亿美元，再到 2024 年的 1.804 亿美元。经营亏损却仍在扩大，从 2022 年的 1.468 亿美元到 2023 年的 1.774 亿美元，再到 2024 年的 2.093 亿美元，因为公司要为平台研发和不断扩张的自有临床管线持续买单。
2023 年的利润表，是今天投资者所面对的那个会计难题最干净的一次历史演示。Schrödinger 在 1.774 亿美元经营亏损之上报告了 4070 万美元净利润，原因是其他收益合计达到 2.204 亿美元，其中包括来自 Nimbus 交易的 1.472 亿美元收益/分配款，以及股权投资的 5350 万美元公允价值收益。业务并没有突然在经营层面转为盈利。只是组合变现在那一年淹没了经营亏损。
与此同时，更高的利率和冷得多的生物科技融资市场，压低了遥远管线现金流的现值。市场不再把 Schrödinger 当成一个稀缺的、近乎无限的「计算药物发现」期权来定价，转而开始追问：软件业务究竟能赚多少钱，自有管线又会吃掉多少资本。即便技术本身并没有过时，这次重估在经济上仍是理性的。
当前阶段始于 2025 年，三个变化同时发生：软件合同转向托管与按期分摊确认，合并口径的经营成本下降，以及更多药物项目走向合作或外部融资，而不再把全部临床开发成本背在自己身上。2025 年收入增长 23.3% 至 2.559 亿美元，软件收入增长 10.6% 至 1.995 亿美元，药物发现收入增至 5640 万美元，经营费用下降 9.3% 至 3.095 亿美元，净亏损从 1.871 亿美元收窄至 1.033 亿美元。管理层设定的目标，是在 2028 年底之前实现调整后 EBITDA 转正。
诺华的 1.5 亿美元首付款在合作通过反垄断审查后于 2025 年 1 月收到，对现金流尤为重要。正是它帮助 2025 年经营现金流转正至 1390 万美元，尽管公司当年亏损 1.033 亿美元。应收账款同期也减少了 1.527 亿美元，递延收入则下降 2900 万美元。所以，2025 年的经营现金流不应被当成经营模式已经实现自我造血的证据。
六年的财务记录显示：一块真实的软件增长业务，嵌在一家消耗资本的合并报表公司里。
| 百万美元，毛利率除外 | 2020 | 2022 | 2023 | 2024 | 2025 | 2026 年上半年 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 总收入 | 108.1 | 181.0 | 216.7 | 207.5 | 255.9 | 117.5 |
| 软件收入 | 92.5 | 135.6 | 159.1 | 180.4 | 199.5 | 68.1 |
| 药物发现收入 | 15.6 | 45.4 | 57.5 | 27.2 | 56.4 | 45.9 |
| 软件毛利率 | 81% | 78% | 81% | 80% | 74% | n.a.† |
| 经营利润/(亏损) | -60.9 | -146.8 | -177.4 | -209.3 | 为负 | -90.3 |
| 净利润/(亏损) | -24.5 | -149.2 | 40.7 | -187.1 | -103.3 | -54.1 |
| 期末流动性现金及证券 | 643.2 | n.a. | 468.8 | 367.5 | 402.3 | 418.8 |
† 2026 年第 2 季度软件毛利率为 71%；公司在业绩公告正文中并未给出可直接对比的上半年软件毛利率口径。资料来源：公司年度与季度披露文件。
2020 年至 2025 年，总收入的年均复合增速约为 18.8%，软件收入约为 16.6%。增长是真实的。但在合并口径上，为创造这些增长所动用资本的回报还谈不上有吸引力，因为大部分毛利被重新投回了研发。传统的 ROIC 与 ROE 算出来是负数，或者被股权投资收益严重扭曲。这是当前商业模式的固有特征，而不是一时的会计怪象。
资产负债表一直是抵御这种投资强度的主要保护。2026 年 6 月 30 日，Schrödinger 持有 2.879 亿美元现金及现金等价物、510 万美元受限现金和 1.259 亿美元有价证券，合计 4.188 亿美元。公司还报告了 3650 万美元的股权投资。传统的有息负债在这里并不是主要的偿付问题，经营租赁义务的分量要比借款重要得多。真正的问题是现金跑道与经济意义上的稀释，而不是再融资压力。
股权激励费用的规模不容忽视。2025 年为 4300 万美元，约相当于收入的 17%；普通股股数从 2024 年末的 6370 万股增至 2025 年末的 6450 万股，此外还有 916 万股限制性普通股。到 2026 年 7 月 29 日，普通股与限制性普通股合计约有 7480 万股在外流通。现金余额之所以充裕，一部分原因正是股东多年来消化了数额可观的股权薪酬。
管理层已经证明，它有能力把科学资产变现；但还没有证明，合并口径下的公司能够在不周期性依赖合作现金、股权变现或股本稀释的前提下，实现每股现金收益的复利增长。
即便如此，这份权益变现记录也长到无法用运气打发。把范围更广的业务拓展收入剔除之后，主要的已披露变现事件可拆分如下。
| 事件 | 大致日期 | Schrödinger 的经济权益 | 已披露的现金变现或当前计价 |
|---|---|---|---|
| Nimbus ACC 项目 / 吉利德（Gilead） | 2016–2017 | 股权/分配权 | 约 4600 万美元分配款 |
| Petra Pharma | 2020–2021 | 股权 | 约 490 万美元并购/托管账户现金 |
| Relay Therapeutics | 2021 | 股权 | 1570 万美元出售所得 |
| Nimbus TYK2 / Takeda | 2023 | 股权/分配权 | 1.472 亿美元分配款 |
| Morphic / 礼来 | 2024 | 股权加剩余特许权使用费 | 约 4760 万美元股权所得 |
| Structure Therapeutics | 2025 年–2026 年上半年 | 股权加里程碑/特许权使用费 | 部分出售；2026-06-30 仍余 3650 万美元账面价值 |
| Ajax / 礼来 | 2026 | 交易前 5.8% 股权加合作 | 4720 万美元股权现金 + 1000 万美元里程碑款 |
| Tectora | 2026 | 新增股权加里程碑/特许权使用费 | 持股比例与计价未披露 |
原始披露文件逐笔列出了这些事件与现金流；公司的现金流量表显示，股权出售所得 2024 年为 4880 万美元，2025 年为 1770 万美元，2026 年上半年为 6700 万美元。
把可以直接辨认的股权分配与处置所得加总，得到的金额落在 3 亿美元档的中段，而不是 7 亿至 7.5 亿美元。公司口径下更大的那个数字，还包含了合作首付款与里程碑款这类业务拓展收入。这个区别，会改变这段历史应有的读法。Schrödinger 反复通过多个渠道把计算发现工作变成现金，这是一种能力。但这些现金依然是间歇性的、与具体资产绑定的。给累计已实现所得套一个倍数，等于把过去的退出重复资本化；正确做法是对剩余股权与合同权利做前瞻性估值。
2025 年末留存的组合，包括 Nimbus、Bright Angel、Apollo 与 Lakshmi 等载体以及 Structure 等标的的权益；Ajax 此后已被收购。2025 年末，Schrödinger 披露持有 Nimbus 1.1% 的权益、Bright Angel 31.5%、Apollo LLC 7.9%、Lakshmi LLC 5.3%、Structure 1.6%，不过各自的经济含义并不相同，因为部分载体主要持有的是未来交易付款的权利。私人股权无法依据公开信息可靠地按当前市值计价。
股价走势正是这些叙事切换的镜像。
在 17 美元的 IPO 之后，零利率、生物科技热情与平台叙事三者叠加，把股价推上 2021 年 3 月 113.09 美元的收盘高点。随后，随着内部研发支出上升、长久期成长股的估值倍数塌陷，这份估值被一路消化掉。此后股价再也没有接近过 2021 年的峰值。
近期的事件序列，比那个旧高点更有教益。礼来 2024 年收购 Morphic，让一笔有价值的股权落袋；2024 年末/2025 年初的诺华合作带来 1.5 亿美元首付款；2026 年第 1 季度业绩后股价下跌约 6%，尽管收入超出预期，投资者盯住的却是扩大的亏损与托管收入转型；第 2 季度则交出了更快的 ACV 增长、Ajax 变现、BMS 企业级协议和 Bunsen 早期试用。Tectora 在 9 月接踵而至。
所以，6 月至 9 月的这轮上涨有事实依据，但 EV/ACV 桥接显示，投资者同时也抬高了愿意为这些事实支付的倍数。当前的争论焦点，已经从「软件业务还能不能继续增长？」转向「表面上的收入疲弱有多少只是会计时点问题，以及在不把变现假装成经常性盈利的前提下，药物发现引擎应该被赋予多少价值？」
商业模式、护城河、行业与竞争对手
Schrödinger 这台业务机器产出四类经济属性截然不同的东西：商业软件 ACV、GAAP 口径软件收入、药物发现合作收入，以及投资/里程碑/特许权使用费价值。把它们混成一个单一增长率，等于毁掉信息。
软件 ACV 最贴近签约活动本身。2025 全年 ACV 为 1.985 亿美元，管理层对 2026 年的指引是 2.18 亿至 2.28 亿美元。GAAP 口径软件收入 2025 年为 1.995 亿美元，但眼下正在下滑，因为托管合同正在取代一次性前置确认的本地部署协议。药物发现收入 2025 年为 5640 万美元；在 Ajax 里程碑把指引上调 1000 万美元之后，2026 年指引为 6500 万至 7500 万美元。贡献收入在 2026 年的列报中被单独拆出，第 2 季度带来 340 万美元。
软件是整个经济结构的锚，历史毛利率大致处在 70% 中段到 80% 出头。2025 年软件毛利率为 74%，2026 年第 2 季度为 71%，过渡期内要承担托管交付与产品投入的成本。管理层 2028 年的目标是随着托管模式放量，把软件毛利率拉回 70% 的高段。
药物发现的毛利率在结构上更难解读。当底层的发现工作已经通过研发费用列支时，研究资助与里程碑可以带来很高的增量毛利率；而正在推进中的研究项目则可能产生可观的收入成本。因此季度毛利率跟着合同结构走，而不只是跟着生产率走。这正是为什么 1000 万美元的里程碑不能年化成 4000 万美元的「运行率」利润。
固定成本主要是科学家、软件工程师、临床团队、销售人员、算力基础设施和公司职能部门。实物资本开支很小：购置房产与设备的支出 2023 年为 1340 万美元，2024 年为 730 万美元，2025 年仅 140 万美元。大部分经济意义上的再投资都通过研发立即费用化，而不是资本化到资产负债表上。
这样一副成本结构意味着：只要软件 ACV 能以 10% 至 15% 的速度增长、而运营费用大体持平，增长就会转化为利润率。它也解释了为什么 2028 年的调整后 EBITDA 目标不需要非凡的收入增速就能实现。反过来，这正是 ACV 一旦减速就危险的原因：公司无法不加区分地削减平台研发，否则就会伤到同时支撑软件与药物发现的那套技术。
第一条真正的护城河是工作流与科学验证。FEP+ 不只是一个提出分子的生成式模型。它用分子力学、力场和统计采样来估算相关化合物之间结合自由能的变化。在先导优化的循环里，这能让化学家在合成之前就给化合物排序，把实验室工作集中到那些被预测具有更好活性、选择性或其他性质的候选分子上。Schrödinger 把这些模拟与 AI 和机器学习结合起来，而不是把两类方法当成互斥的选择。
公司口中的「金标准」说法，应被视为营销话术，而不是行业的正式认定。采用情况才是更好的证据。按 2024 年收入排名的全球前 20 大制药公司，2025 年全部是其软件客户，商业毛留存率为 96%，大客户 ACV 继续上升。这些客户内部都有成熟的计算化学团队，也有很多替代工具可选。在高支出水平上反复续约，比一句口号更有证明力。
第二条护城河是累积的科学 know-how。力场、工作流设计、误差检测、体系准备和采样协议，凝结了数十年的实验反馈。FEP+ 依赖的不只是原始算力。竞争对手可以买 GPU；但要在广阔的化学空间上复现针对化学问题的验证，是一个更慢的过程。这条护城河是真实的，不过随着开源方法、机器学习势和更强的通用模型不断进步，它也可能被侵蚀。
第三条护城河是组织层面的整合。LiveDesign、建模工具，以及如今像 Bunsen 这样的智能体系统，让 Schrödinger 成为研究工作流的一部分，而不是一次孤立采购的计算服务。大规模部署抬高了转换成本，因为研究人员会围绕这个平台形成习惯、共享的数据结构和内部流程。这正是 BMS 协议在战略上重要的原因。它说明一家成熟的制药客户已准备好大范围部署这一整套技术栈，尽管已披露的经济条款不足以量化它对估值的影响。
第四条、也是不那么常规的一条护城河，是这家公司在「把模拟转化为经济所有权」这件事上学到的东西。Nimbus、Morphic、Ajax 以及如今的 Tectora 表明，它能反复做到：识别资产、提供计算驱动的发现，并把交易结构设计成让 Schrödinger 保留股权或下游经济利益。这种能力没法像软件经常性收入那样去估值。它也不只是一条营销意义上的护城河，因为已有数笔相互独立的交易实际支付了现金。
薄弱环节在盈利能力。竞争对手并不需要在技术上取代 FEP+，就能压制它的估值。他们只需要说服客户：可以接受的模拟有更便宜的来源，或者把建模与更广义的开发软件打包出售，又或者提供 AI 工作流、在足够多的应用场景里削弱对昂贵高精度计算的依赖。一旦如此，这条护城河在科学上仍然值得尊敬，在财务上的价值却会变低。
行业结构是分散的，因为「计算药物发现」这个说法打包了好几门客户出于不同理由才会购买的生意。一端是科学软件供应商。另一端是数据与 AI 原生、自己留住分子的药物开发商。夹在中间的是合同发现、模型引导的药物开发服务、自动化实验室和平台合作。单一的市场规模估算，更可能遮蔽而不是照亮 Schrödinger 的机会。
行业的利润池也随阶段迁移。已被验证的企业软件可以产生高毛利率和重复购买。临床前资产的现金流为负，但如果日后成为差异化的临床药物，期权价值会极其可观。一个成功获批分子的拥有者，攫取的价值远超帮它做设计的软件供应商。Schrödinger 刻意横跨这几个层次，就是为了避免把资产端的全部经济利益都留给客户。
它的周期暴露也因此是混合的。制药研发预算相对防御，利好软件。小型生物科技的融资与并购活动则是周期性的、对利率敏感，会影响合作的达成和股权价值。自有管线受科学与监管周期支配。公开市场估值仍对实际利率高度敏感，因为管线价值的大部分都落在若干年之后。
对软件业务而言，监管不是直接的牌照门槛，但会通过客户传导过来。FDA 和其他监管机构最终决定自有和合作的候选药物能否产生里程碑与特许权使用费。随着托管部署增加，网络安全、数据驻留与验证要求同样重要。转向托管软件可以改善集中支持和收入的经常性确认，但也把可用性、安全性和客户数据方面的更多责任转移到了 Schrödinger 身上。
横向来看，Schrödinger 的竞争对手不少，但没有哪一家上市公司是完美的对标。
Certara 是「把科学软件与专业能力变现、同时并不拥有同等规模自有药物管线」这一模式最接近的上市公司标杆。它的重心是模型引导的药物开发、生物模拟、临床药理学和监管工作流，而不是原子层面的先导优化。Certara 称其客户群超过 2,600 家生物制药公司、学术机构和监管机构，并称 2014 年至 2025 年间 FDA 批准的新药中，有超过 90% 有其客户参与。2026 年第 2 季度收入为 9330 万美元，增长约 1%，其中软件收入 4880 万美元，增长 4%。它的服务业务更成熟、增长更弱，但已经能产生现金，这让它成为 Schrödinger 软件那一半业务有用的估值锚。
Simulations Plus 体量更小、也更专门化。它出售建模与模拟软件，同时提供药物开发方面的咨询服务。2026 财年第 3 季度收入为 2190 万美元，增长 7%，而软件收入为 1260 万美元、大体持平。2026 年 6 月，它同意被 Altaris 以每股 18.50 美元收购，隐含股权价值约 3.75 亿美元。这笔交易之所以在这里重要，是因为它为一家科学软件公司提供了一个真金白银的基准，而不是一个波动不定的公开市场报价。
Recursion 站在这组对照的另一端。它本质上是一家管线/平台公司，用 AI、自动化实验和大规模生物数据集来识别和开发药物。2026 年第 2 季度，它只录得 770 万美元收入，亏损 1.31 亿美元，经营活动消耗现金 1.059 亿美元，同时持有 5.568 亿美元的现金及受限现金。它约 17 亿美元的市值，主要是对平台与管线期权价值的定价，而不是对经常性软件利润的定价。这让 Recursion 有助于理解投资者愿意为药物发现的期权性付多少钱，但作为 Schrödinger 许可业务的倍数参照则很差。
晶泰科技在某些方面技术上更接近，它把物理方法、AI 和自动化实验室结合起来，也已经转向管线授权。晶泰 2026 年上半年的披露带着和 Schrödinger 一样的分析陷阱：报表收入可能被一笔大额授权付款主导，而底层的服务与 AI for Science 业务走的是另一条增长曲线。这个对比再次说明，必须把平台需求与里程碑的会计处理分开来看。
AbCellera 和 Absci 常被放进同一个「AI 赋能药物发现」的篮子里，但两者离 Schrödinger 的经济模式都更远。它们的技术更偏向生物学发现以及蛋白质或抗体设计，估值也高度依赖管线与合作的结果。它们可以当作情绪面的对标，却不是 FEP+ 软件合适的估值锚。
当前市场给这几门生意的定价差异很大。
| 指标（截至 2026-09-11 或最新季度） | SDGR | CERT | SLP | RXRX |
|---|---|---|---|---|
| 股权市值 | 14.4 亿美元 | 约 11.7 亿美元 | 约 3.8 亿美元交易对价 | 约 17.0 亿美元 |
| 最新季度收入 | 5890 万美元 | 9330 万美元 | 2190 万美元 | 770 万美元 |
| 经常性/科学软件部分 | 过去四个季度 ACV 2.08 亿美元 | 第 2 季度软件 4880 万美元 | 第 3 季度软件 1260 万美元 | 许可并非其核心 |
| 最新季度净利润/(亏损) | +600 万美元† | GAAP 口径亏损 | 盈利 | -1.31 亿美元 |
| 现金或流动性资源 | 4.188 亿美元 | 约 1.495 亿美元现金‡ | 净现金状态 | 5.568 亿美元 |
| 估值视角 | EV/ACV + SOTP | EV/收入、EBITDA | 交易 EV/收入 | 管线/平台 |
† SDGR 第 2 季度的利润主要来自 Ajax 与股权相关的经济利益，不应视为经常性。 ‡ Certara 在 2026 年第 1 季度前后还背负约 2.95 亿美元的定期借款。资料来源：公司披露文件与市场数据。
估值差距背后的业务原因，比这张表本身更重要。Certara 拿到较低的成长性倍数，是因为它收入增速慢、服务业务的结构稀释了软件的经济性，但投资者能看到一条通往常规 EBITDA 的路径。Simulations Plus 的私有化估值，为一家没有 Schrödinger 那类管线的小型科学软件资产，给出了大约中个位数收入倍数的上限。Recursion 的交易价格几乎完全建立在未来的生物学与临床价值之上。Schrödinger 夹在两者中间。这正是为什么用单一的同业倍数去套只会得出荒谬结论。
Schrödinger 的定位，是一家高端科学软件供应商，并且成功地在自家技术帮助创造出来的药物资产里保留了一块。它最有防御力的利润池是企业级许可业务。它最大的潜在上行，来自那些无法以同等精度预测的经济利益。
当前基本面与估值
最近四个季度的数据说明了，为什么当下的表观收入格外具有误导性。
| 百万美元 | 2025 年第 3 季度 | 2025 年第 4 季度 | 2026 年第 1 季度 | 2026 年第 2 季度 |
|---|---|---|---|---|
| 总收入 | 54.3 | 87.2 | 58.6 | 58.9 |
| 软件收入 | 40.9 | 69.3 | 35.6 | 32.5 |
| 药物发现收入 | 约 13.4 | 18.0 | 22.9 | 23.0 |
| 贡献收入的列示方式 | 已计入/重分类 | 已计入/重分类 | 0.1 | 3.4 |
| 净利润/（亏损） | 约 -32.8 | +32.5 | -60.0 | +6.0 |
| 第 2/第 1 季度报告的 ACV | n.a.† | FY 198.5 | 28.4 | 29.6 |
† 2025 年第 3 季度的 ACV 为 3830 万美元，其中含贡献 ACV；年度续约高度集中，使季度之间的比较带有很强的季节性。2026 年第 1 季度与第 2 季度的数字是当期 ACV，而非年化收入。
2025 年第 4 季度与 2026 年第 2 季度都录得 GAAP 口径的盈利或接近盈利，原因是投资收益盖过了经营亏损。2025 年第 4 季度，股权投资的公允价值变动约为 4700 万美元；2026 年第 2 季度的公允价值收益为 4590 万美元。这类收益反复出现，正说明这个投资组合确有经济价值。但它们在季度之间的发生时点，使净利润并不是一个合适的经营 KPI。
当下最干净的经营指标是 ACV、留存率、毛利率与费用纪律。第 2 季度 ACV 增长 27%，远远跑在报告口径软件收入负 10% 的增速前面。全年 ACV 指引 2.18 亿至 2.28 亿美元，仍与 10% 至 15% 的底层签约增长相吻合。第 2 季度经营费用下降 6% 至 7400 万美元，管理层仍预计全年经营费用低于 2025 年。这一组合必须延续下去，2028 年调整后 EBITDA 目标才谈得上可信。
上半年的数字把托管转型体现得更为鲜明。2026 年上半年 GAAP 口径软件收入为 6810 万美元，较上年同期的 8930 万美元下降 23.7%。上半年 ACV 约为 5800 万美元，增长约 19%。这两条线衡量的并不是同一件事：一条反映收入确认的时点，另一条则意在对合同期限、计费与部署模式做归一化。「假设托管采用率不曾变化时的 GAAP 收入」这样一个精确数字，无法从公开数据中算出，因为 Schrödinger 并未披露构建该反事实所需的合同级确认时间表。于是 ACV 成了站得住脚的同口径衡量指标。
这些都不等于给管理层发免检牌。ACV 本身仍须由客户行为来佐证。2025 年净留存率降至 100%，而 2024 年为 113%，这一点不支持把 ACV 的每一分增长都读成产品需求在加速。大型药企客户确实在扩容。更广的商业客户群则要参差得多。
在管理层报出价格、单独的订单额或增量 ACV 之前，先把 Bunsen 排除在近期预测之外。它的早期体验版发布与 BMS 部署，确立了这款产品确实存在、并且正被一家成熟客户使用。但它们并没有确立一条新的收入曲线。全面商业化发布原预计在 2026 年底之前完成。
自有临床管线的资本密集度也在有意下降。Schrödinger 表示，对其 MALT1 抑制剂 SGR-1505 和 Wee1/Myt1 抑制剂 SGR-3515，公司正在寻求合作，而不是自行承诺出资推进大规模的后期开发，并且一直在为这两个品种备齐 1 期数据包。若交易得以签署，现金需求会随之下降。这也意味着股东可能只拿到下游经济利益中经谈判分得的一部分，而非产品的全部价值。
估值要从现金流穿透检验开始。传统市盈率立刻就失效了：过往 GAAP 口径盈利为负，即便是盈利的那几个季度，里面也含有大额投资收益。在归一化口径下，所有者盈余同样为负。
| 现金流质量 | 2023 | 2024 | 2025 | 2026 年上半年 |
|---|---|---|---|---|
| 净利润/（亏损），百万美元 | 40.7 | -187.1 | -103.3 | -54.1 |
| 经营活动现金流，百万美元 | -136.7 | -157.4 | +13.9 | -48.9 |
| 经营现金流/净利润 | -3.36x | 0.84x | -0.13x | 0.90x |
| 厂房与设备资本开支，百万美元 | 13.4 | 7.3 | 1.4 | 2.9 |
| 简化自由现金流，百万美元 | -150.1 | -164.7 | +12.5 | -51.8 |
2025 年为正的现金流，很大程度上受到合作现金与营运资本变动的影响，其中包括 1 月收到的诺华 1.5 亿美元首付款。
对 Schrödinger 而言，五年期的「经营现金流/净利润」质量比率并无经济含义，因为分子与分母变号的原因各不相同：经营现金流随大额合作首付款起落，净利润则随按市值计价与股权处置收益波动。上面按年度列出的观察值就说明了这个问题。换作一家成熟的工业企业，这个比率会是一项有用的盈利质量检验。而在这里，它告诉你的只是：归一化后的所有者盈余依然为负。
维持性资本开支与增长性资本开支并未分开披露。反正实物资本开支的规模足够小，这一区分本来也不是估值的瓶颈。真正具有经济意义的维持性支出，是科研与软件开发投入，其中很大一部分是费用化处理的。把全部研发都当作可自主裁量的「增长性资本开支」，会高估所有者盈余。因此，一份审慎的估值不会去资本化一条尚不存在的正自由现金流。
表观市盈率在这里什么都说明不了，基于所有者盈余的市盈率和自由现金流收益率同样如此，因为归一化后的所有者盈余低于零。这正是下面的 SOTP 对软件业务用 ACV、对药物资产用 rNPV 的原因。
与自身历史相比，今天的估值远低于 2021 年的投机极值。给出一个精确的历史分位则是虚假的精确，因为公司上市以来已经改变了收入确认模式、ACV 披露口径与组合构成。EV/ACV 是当下更有用的统计量。按 19.02 美元计算，股权价值约为 14.4 亿美元。减去 6 月末 4.188 亿美元的流动资源余额，在不考虑租赁负债与投资资产之前，大致的企业价值约为 10.2 亿美元。这相当于过往 ACV 2.08 亿美元的 4.9 倍，以及 2026 年指引中值的 4.6 倍。
纯软件同业锚点能给这个倍数一个参照。在计入现金与定期债务之后，Certara 当前的企业价值大致落在 10 亿美元级别的中段，对应的是年化后处在 3 亿多美元区间偏上位置的第 2 季度收入，大约相当于 3 倍多收入的中间地带。Simulations Plus 18.50 美元的私有化价格，隐含约 3.75 亿美元的股权价值，对应的是近期年化后约 8800 万美元的季度收入运行率，在尚未对净现金作调整之前，略高于 4 倍收入。这些都不是可以直接对标的 ACV 倍数，但它们不支持按 2021 年常见的两位数销售额倍数来给 Schrödinger 的软件业务估值。
下面的 SOTP 采用了这些锚点，但给了 Schrödinger 一个区间，以体现其更强的 ACV 增长与在 FEP 上的专门地位。之后再对药物一侧单独估值。
管线的 rNPV 是有意保守的。SGR-1505 与 SGR-3515 都是早期临床资产，其最终适应症、合作方经济条款、获批概率与商业化峰值销售额都仍不确定。与其假装能精确知道这些数值，我给出的是与早期临床阶段期权价值相称的整体风险调整值，并且只在乐观情景下上调。合作权益与全资资产被分开列示，以免把股权变现这台引擎重复计算。
| SOTP 维度 | 保守 | 中性 | 乐观 |
|---|---|---|---|
| 2026 年 ACV 假设 | 2.18 亿美元 | 2.23 亿美元 | 2.28 亿美元 |
| 软件 EV/ACV 倍数 | 4.0x | 5.0x | 6.0x |
| 软件企业价值 | 8.72 亿美元 | 11.15 亿美元 | 13.68 亿美元 |
| 计提前瞻性烧钱准备后的净现金价值 | 3.5 亿美元 | 3.75 亿美元 | 4 亿美元 |
| 已标价/非上市股权权益价值 | 5000 万美元 | 7500 万美元 | 1.5 亿美元 |
| 全资管线 rNPV | 7500 万美元 | 1.5 亿美元 | 3.5 亿美元 |
| 合作/里程碑/特许权使用费 rNPV | 5000 万美元 | 1 亿美元 | 2.5 亿美元 |
| 股权价值合计 | 13.97 亿美元 | 18.15 亿美元 | 25.18 亿美元 |
| 按约 7480 万股计算的每股价值 | 18.7 美元 | 24.3 美元 | 33.7 美元 |
软件倍数是这张表里最主要的估值判断。4 倍 ACV 大致对应专业软件领域的交易/公开市场可比估值，其中没有为激进的利润率扩张留出任何余地。5 倍则假设 ACV 增长 10% 至 15%、软件毛利率最终回到 70% 多的高位，并且 2028 年的 EBITDA 路径可信。6 倍需要有证据表明，Bunsen、大范围的企业级部署与更高的通量能够延长增长，同时不牺牲定价能力。设置前瞻性烧钱准备，是为了不让估值把今天的每一美元现金都算作富余资本。
按今天的市值，管线被定价为大致为零，而不是一个很大的正数。
一种看法是把软件按 4.5 至 5.0 倍 ACV 估值。按 2026 年中值的 4.5 倍计算，软件价值约为 10.0 亿美元。再加上扣除烧钱准备后约 3.5 亿美元的可用现金，以及约 5000 万美元的权益价值，在尚未给自有管线或合作权益任何有意义的价值之前，合计就已经达到 14.0 亿美元左右，几乎正好等于今天的市值。若按 5 倍 ACV 计算，同样的算法在计入管线价值之前就已经超过市值。答案对倍数与烧钱准备很敏感。但无论怎么算，核心结论都成立：在 19 美元买入的股东，并没有为临床成功明显多付几亿美元的溢价。
这些估值情景随后可以转化为投资回报区间。
| 维度 | 保守 | 中性 | 乐观 |
|---|---|---|---|
| 收入/利润率假设 | ACV 接近 2.18 亿美元；此后扩张放缓；托管业务毛利率逐步恢复 | ACV 接近中值；10% 至 15% 的增长得以维持；到 2028 年软件毛利率达到 70% 多的高位 | ACV 触及区间高端；Bunsen/BMS 加速企业级应用；毛利率处于 70% 多的高位 |
| 现金流假设 | 现金消耗持续更久；合作能减少但无法消除管线支出 | 2028 年调整后 EBITDA 目标大体达成 | 经营杠杆更早显现，外加可观的里程碑现金 |
| 倍数假设 | 4.0x ACV | 5.0x ACV | 6.0x ACV |
| 关键催化剂 | 成本控制；托管转型完成 | ACV 执行、Bunsen 商业化发布、管线对外合作 | 大范围的 BMS 式部署、有价值的临床/合作数据读出 |
| 关键风险 | ACV 增速跌破 10%；现金消耗 | 转型持续更久；没有管线交易 | 临床失败，或虽有执行力但估值倍数被压缩 |
| 隐含 12 个月上行空间 | 约 -2% | 约 +28% | 约 +77% |
| 永久性损失风险 | 触发条件：ACV 增速持续低于 5%、倍数降至 3 倍 | 触发条件：2028 年 EBITDA 目标出现实质性滑坡 | 触发条件：市场对全部平台期权价值重新定价 |
| 约 3 年期年化回报 | -1% | 8% | 21% |
这是研究框架内的估值情景分析，并非投资建议。
这里的预期差有些别扭。只看 GAAP 口径软件收入的空头会得出商业业务正在萎缩的结论，而由于托管转换的存在，这低估了真实需求。只看 ACV 的多头会得出转型纯属表面文章的结论，这又高估了证据的分量：净留存率只有 100%，毛利率暂时偏低，而且公司尚未证明托管模式会加速客户扩容。
下一份财报的评判重点会落在第 3 季度的 ACV 上。管理层给出的指引是不含贡献 ACV 的 4100 万至 4500 万美元，对照的是 2025 年第 3 季度 3830 万美元的 ACV 总额，其中含 220 万美元的贡献部分。全年指引因而意味着第 4 季度又将是一个规模极大的续约期。若第 3 季度的结果达到或高于指引上限、同时全年指引维持不变，就能验证需求；若不及 4100 万美元，会计口径转换这一解释的说服力就会下降。
第二个预期差是 BMS。把大规模的 BMS 部署读作商业化验证是合理的。据此搭建一份收入预测则不合理，因为 ACV 与合同期限都没有披露。第一份明确显示 Bunsen 能抬升 ACV、定价或留存率的证据，会比再来一次产品发布公告更有价值。
第三个是自有管线。在一个合理的软件估值之下，市场目前几乎没有给它明确赋值。如果合作交易验证了 SGR-1505 或 SGR-3515，这会创造上行空间，但它并不能消除亏损风险，因为这些资产同时也是持续投入研发的理由之一。
安全边际检验的结果，比中性情景的上行空间所暗示的要不利。保守情景下的 SOTP 约为每股 18.7 美元，略低于当前的 19.02 美元。股价相对保守情景存在小幅溢价。相对该情景的安全边际为零。
中性情景中最脆弱的假设，是 5 倍 ACV 的软件估值倍数。把它砍到 70%、即 3.5 倍，其余中性假设一概不变，估值就会减少约 3.35 亿美元，相当于每股约 4.5 美元。中性情景价值从约 24.3 美元降至约 19.8 美元，几乎正好是当前股价。这提醒我们，不要把 28% 的中性情景上行空间当成一个高确信度的价差。
如果所有者盈余在今天归一化后为负或大致为零的水平上连续三年持平，股东就拿不到任何经营性现金回报。即便不需要一个精确的国债报价，非正的所有者盈余收益率也低于任何为正的 10 年期政府债券收益率。按简报中指定的框架，在这个买入价上不存在安全边际。
安全边际充分性裁定：无。
风险、催化剂与追踪盘
第一重永久性损失风险，是 ACV 的增长比「托管模式会计处理」这套解释所暗示的更弱。我给出的判断是概率中等、影响高。要盯住的是 ACV、NDR 与大客户 ACV。若全年 ACV 跌破 2.18 亿美元这条下限，或者在托管渗透率持续上升的同时商业化 NDR 从当前的 100% 继续下滑，传导路径会非常直接：市场不再把报表收入的疲弱当成时间错配，转而下调其长期增长预期，软件业务的估值倍数便可能从约 5 倍 ACV 滑向 3 倍或 4 倍。
第二重是持续的现金消耗。概率中等；在三到五年的跨度上影响高。2026 年上半年经营活动耗用现金 4890 万美元，而这还是在 Ajax 回款计入投资活动现金流的情况下；截至 6 月，累计亏损已达约 6.83 亿美元。当前的资产负债表能买来几年的回旋余地，但若正常化的年度现金消耗落在 8000 万至 1.2 亿美元，到 2028 年之前就会吃掉当前流动性中相当可观的一块。需要跟踪的指标是经营活动现金流、营业费用，以及现金加可交易证券。若流动性资源跌破 3 亿美元而 EBITDA 又没有明确的收敛迹象，股权增发的概率就会上升，或者迫使公司更大幅度地削减管线。
第三重是管线期权落空。就任何单个早期项目而言概率高，在组合层面则为中等；影响中等至高。Schrödinger 的模式在设计上就把这一风险分散到自有、合作与联合创立的资产之间，但 SGR-1505 与 SGR-3515 仍需要临床上有说服力的数据和有吸引力的合作方。若无法为它们找到合作伙伴，要么压低管线 rNPV，要么迫使管理层在「自己掏更多钱直接推进」与「放弃这部分价值」之间二选一。检验点在于：1 期数据包完成之后，其中一个或两个能否拿到可信的合作条款。
第四重是技术商品化。在五年维度上概率中等，影响高。威胁不太可能来自某一个 FEP 的克隆品，而是这样一整套技术栈：机器学习势函数、药企内部模型、云端算力与相互竞争的科研软件，共同让「足够准」的预测在很大一部分设计工作中变得更便宜或更快。Certara 已经在把 AI 智能体整合进自己的生物模拟技术栈，晶泰科技则在 AI for Science 与自动化实验室上大举投入。可观察到的证据将是留存率下滑、价格让步、单个大客户的 ACV 增长放缓，或者客户转向打包式的替代方案。
第五重是摊薄。概率中等；影响中等。2025 年的股权激励费用为 4300 万美元，股本数量还在继续上升。如果薪酬与未来融资吸走了太多收益，一家公司完全可能在创造企业价值的同时，让每股价值原地踏步。这里的衡量口径是全面摊薄后的股本增速与 ACV 增速之比；年化摊薄若持续高于约 3%，长久期的每股情景就该给出更大的折让。
第六重是估值压缩。概率中等，影响高，原因在于当前的所有者收益为负。5 倍 ACV 的估值，建立在「软件增长与未来利润率终将收敛」这一信心之上。一旦长久期的生物科技与软件估值倍数整体下修，或者 2028 年的 EBITDA 目标推迟，就没有任何盈利收益率来缓冲这一跌势。
未来一年的正面催化剂异常具体。第 3 季度 ACV 达到或超过 4500 万美元，会强化需求端的论据。Bunsen 若能在年底前从早期试用走向明码标价的商业化产品，并随后披露客户采用情况，就能把一个 AI 叙事变成可度量的叙事。为 SGR-1505 或 SGR-3515 找到合作方，既可以把临床支出推到公司体外，又能让 rNPV 兑现。Structure、Tectora、Nimbus 或其它合作项目若再添里程碑，则会进一步充实组合变现的记录。
主要的负面催化剂则是镜像：ACV 低于指引、NDR 进一步下滑、软件毛利率停在 70% 附近而非回升、营业费用重新扩张、核心临床项目找不到合作方接手，或者进入一段较长的时期，其间组合变现的回款枯竭，而经营亏损仍在继续。
| 追踪指标 | 最新值 / 指引 | 论点正常区间 | 警戒阈值 | 下次更新预期 |
|---|---|---|---|---|
| 2026 财年 ACV | 2.18–2.28 亿美元指引 | 同比增长 ≥10% | < 2.18 亿美元 | 第 3 季度财报 |
| 2026 年第 3 季度 ACV（剔除贡献部分） | 4100 万–4500 万美元指引 | ≥4300 万美元 | < 4100 万美元 | 第 3 季度财报 |
| 商业化净留存率 | 2025 财年 100% | ≥100% | <95% | 全年业绩 |
| 商业化毛留存率 | 2025 财年 96% | ≥95% | <92% | 全年业绩 |
| 软件毛利率 | 第 2 季度 71% | 转型期间 74%–80% | 连续两个季度低于 70% | 每季度 |
| 流动性资源 | 2026-06-30 为 4.188 亿美元 | >3.5 亿美元 | < 3 亿美元 | 每季度 |
| 营业费用 | 第 2 季度 7400 万美元 | 不高于 2025 年的运行率 | 持续高于每季度 8000 万美元 | 每季度 |
| 全面摊薄股本增速 | 当前约 7500 万股 | 同比 <3% | 同比 >5% | 每季度/10-K |
| Bunsen 商业化状态 | 早期试用 | 2026 年底前商业化 | 到 2027 年第 1 季度仍未商业化发布 | 公司公告 |
| 下一次财报 | 公司尚未正式公布 | 预计 2026-11-04 | 日期待确认 | 公司投资者关系 |
11 月 4 日这个财报日期是第三方的估计，而非公司官方公布的日期；MarketBeat 与 Zacks 目前都估在 11 月 4 日，另一家财报日历服务给出的则是 11 月上旬至中旬这一更宽的窗口。应把它当作暂定值看待。
ACV 与留存率理应摆在这张追踪盘的最上方：真正把会计口径切换与实质性走弱区分开的，正是这两项。软件毛利率检验的是托管交付最终能否产出管理层所承诺的那套经济模型。现金与营业费用则决定公司能否在不牺牲每股价值的前提下走到 2028 年。至于 Bunsen，只有当它的商业化贡献可以被度量时，才真正重要。
交叉综合、评级、来源与不确定性
纵向来看，Schrödinger 证明了一件相对少有「平台型生物科技」公司证明过的事：制药客户愿意在数十年间反复为它的软件付费，而独立买家也反复为那些 Schrödinger 保留了经济权益的药物资产或公司支付过真金白银。这是两种截然不同的外部验证。一种说明这个平台作为工具是管用的。另一种说明，至少有一部分借助它生成的分子，已经有价值到足以让第三方出手收购或出资。
这段历史同样暴露了局限：软件业务尚未养活整个组织。2022 年至 2025 年，不断攀升的科研与临床投入，把合并经营亏损推高到远超软件所创造的毛利。那些看上去盈利的年份，比如 2023 年，之所以盈利，是因为投资组合收益与分配收入盖过了经营亏损。2026 年第 2 季度不过是同一件事的又一个版本。
所以，过往的成功来自几种因素的混合：技术优势、管理层愿意保留资产经济权益、能够获取外部资本，以及在个别药物交易上赶上了有利时点。把它说成运气，就忽略了 Nimbus、Morphic、Ajax、Structure 与 Tectora 反复出现的同一种模式。把它说成一台可重复的盈利机器，则忽略了这些结果有多稀疏、多依赖路径、多与具体资产绑定。
当前战略与股东经济利益的契合度，好于 2022–24 年的模式。公司正在削减运营开支，在托管转型期间改由 ACV 而非 GAAP 软件收入来承担衡量需求的职责，并在寻找合作方或外部载体来分担更多后期药物开发成本。Tectora 是一个格外干净的例子：两个源自 Schrödinger 的项目被装进一家由专业风险投资人支持、单独融资的公司，而 Schrödinger 保留股权、里程碑与特许权使用费。这是资本回收，而不是资本放弃。
横向来看，软件的护城河仍然强于生物科技的护城河。Certara 在模型指导开发与法规工作这类下游环节渗透更广；Simulations Plus 提供的是一套更窄的模拟加服务模式；Recursion 与晶泰科技走的是更依赖 AI 与数据的发现架构。Schrödinger 的差异化在于原子尺度物理、FEP 以及一体化药物化学工作流上的深度。客户不必相信一个未来主义式的自主药物实验室，才说得通去买这套软件。他们需要的是软件今天就能帮助他们在分子层面做出更好的决策。
在拥挤的 AI 叙事里，这一区分才真正显出价值。Bunsen 让 Schrödinger 在交互层更具竞争力，但在它体现到 ACV、留存或定价之前，并不改变根本的估值逻辑。BMS 的部署比 Bunsen 的发布公告分量更重，因为一位成熟客户真的把这套软件投入了大规模使用。缺失的是经济数据，这正是它今天无法被激进地计入估值的原因。
市场可能出现的误判是双向的。盯着 GAAP 软件收入看的投资者可能低估这门生意，因为托管转换把收入从一次性确认转成了按期分摊确认。盯着「AI 药物发现」和历史退出案例看的投资者则可能高估它，因为他们把偶发的里程碑与股权收益变成了一条准经常性的利润流。
在第一个争议上，ACV 的证据目前站在公司这边。第 2 季度 ACV 增长 27%，全年指引仍指向 10–15% 的增速，头部药企的支出在增加，毛留存率维持在高位。在第二个争议上，盈利质量的证据站在空方这边。剔除 Ajax 与股权估值变动之后，剩下的是一个深度亏损的经营结构。
结果是一份微妙的估值。在 19.02 美元的价位上，投资者并没有为管线期权支付 2021 年那种价格。给软件一个合理的 4.5–5 倍 ACV 估值，再加上前瞻调整后的现金余额，就能解释掉大部分乃至全部市值，这让药物端的成功成为真正的增量。但股价仍未跌到保守内在价值之下。安全边际这一关没能通过，因为软件倍数只要往下调一档，就足以抹掉基准情景的全部上行空间。
这正是为什么 6 月以来的上涨只有一部分属于基本面重估。Ajax 交割改善了流动性，也验证了又一项共同创立的资产；BMS 的部署强化了企业软件叙事；Tectora 削减了两个早期项目的直接出资负担；ACV 的执行也在改善。这些进展确实抬高了公允价值。但大致的 EV/ACV 倍数照样在扩张，从 6 月基于自家锚定值与第 1 季度资产负债表的约 3.8 倍，升到今天的约 4.9 倍。股价跑得比身后那部分软件合同基数更快。
相对于 6 月旧版的估值区间，即悲观 9–13 美元、基准 15–22 美元、乐观 28–42 美元，我独立重建的 SOTP 把保守情景与基准情景的中枢都上调了。原因不是那 20% 的股价涨幅，而是更强的 ACV 指引、已经落实的 Ajax 现金、额外的企业级验证、成本纪律，以及更具资本效率的管线策略这几项的叠加。乐观情景的上限则远没有挪动那么多，因为最大的上行假设仍然是临床与合作层面的假设，而这些假设尚未排除风险。
未来一年，主导变量是 ACV 与成本控制。公司需要证明第 2 季度强劲的签约不是一个孤立的续约季度，商业端净留存率需要止跌，Bunsen 也需要从早期试用走向真实的商业贡献。
三年维度上，关键变量是合并口径的自我造血能力。2028 年的调整后 EBITDA 目标，比任何单一里程碑都更重要。一家 ACV 增速 10–15%、软件毛利率处在 70% 多高段的公司，最终理应自行承担远高于现在的研发开支。如果在托管转换基本完成之后仍未达成该目标，那就说明问题出在成本结构，而不是会计确认的时点。
五年维度上，决定性的问题是这个平台能否持续产出在经济上具备差异化的分子。仅凭软件，就足以支撑起一家有分量的公司。但除非保留下来的资产经济权益继续兑现，否则它大概撑不起最乐观的长期股权回报。到那时，投资者应当能从大得多的样本中，判断这套变现引擎的可重复性。
当投资者能够以保守的软件估值买下软件业务、同时几乎白拿管线时，这家公司才会变得实质性地更有吸引力。按今天的价格，这一余量还不够宽。
多头理由：
- 全年 ACV 指引为 2.18 亿至 2.28 亿美元，隐含 10–15% 的增速，尽管托管转换给报表软件收入带来了压力；第 2 季度 ACV 增长 27%。
- 按 2024 年收入排名的前 20 大制药公司，在 2025 年全部是其软件客户；前 20 大药企的 ACV 增长 15.3%，商业端毛留存率维持在 96%。
- BMS 正在其整个研究体系内部署该平台与 Bunsen，尽管合同经济条款未披露，但这提供了企业级规模的验证。
- Nimbus、Morphic、Ajax 与 Tectora 构成了多个相互独立的案例，说明源自 Schrödinger 的发现工作确实产生了股权、里程碑或下游经济收益。
- 在 4.5–5 倍 ACV 的软件估值加上正常化现金的口径下，今天的市场价格几乎没有给自有管线赋予任何显性价值。
空头理由：
- 第 2 季度 600 万美元的净利润，在剔除 1000 万美元的 Ajax 里程碑款之后就消失了，而且当季还包含 4590 万美元的股权公允价值收益。
- 2025 年商业端净留存率从 113% 降至 100%，说明大客户端的强势并未转化为普遍性的扩张。
- 2026 年上半年仍消耗了 4890 万美元经营性现金，公司预计还将亏损数年，因此管线期权始终带着实实在在的持有成本。
- 2025 年股权激励费用为 4300 万美元，在合并口径的所有者收益仍为负的情况下，造成了实质性的每股摊薄。
- 当前股价略高于保守情景的 SOTP；若把假设的软件倍数从 5.0 倍下调至 3.5 倍，基准情景的价值就会跌回大致等于当前股价的水平。
事前验尸剧本一：到 2028 年，药企自建的 AI 工作流、更廉价的机器学习模拟，以及科研软件竞争对手更宽的产品线，三者叠加压低了客户专门为 Schrödinger 高端算力所愿支付的金额。ACV 增速跌破 5%，净留存率跌破 95%，托管毛利率稳定在 70% 附近而非目标中的 70% 多高段，市场把软件业务从约 5 倍 ACV 重估到 3 倍。若届时 ACV 在 2.4 亿美元左右，软件 EV 就只有约 7.2 亿美元。再经历两年现金消耗，即便没有临床上的灾难，股价也可能落到十几美元的低位区间。
事前验尸剧本二：SGR-1505 与 SGR-3515 在 2027 年内未能吸引到有吸引力的合作方，没有任何共同创立的资产带来实质性变现，合作里程碑的到账也晚于预期。管理层保留了足以维系平台的研发投入，每年消耗约 8000 万至 1 亿美元现金，并错过 2028 年的调整后 EBITDA 目标。市场抹去大部分管线期权价值，只给软件 3–3.5 倍 ACV 的估值。在摊薄后股数更高的情况下，9–12 美元左右的股价就变得可信，相当于从今天的水平永久损失约 40–50%。
第一个事前验尸并不要求 FEP+「失败」。它只要求其经济稀缺性下降。第二个也不要求每一款药物都失败。它要求的是投资组合消耗现金的速度快于变现到账的速度。
最终判断正是从这些亏损路径推导而来。Schrödinger 拥有的生意，比它的 GAAP 利润表所显示的更好：软件业务按 ACV 口径仍在增长，客户结构强得不同寻常，公司也已建立起把计算发现转化为下游经济收益的真实记录。向托管合同与外部融资药物载体的转型，在战略上是合理的。
价格的吸引力不如生意本身。在 19.02 美元的价位上，保守情景的 SOTP 得出约 18.7 美元，而基准情景能到约 24.3 美元。只要执行力延续，这就意味着有吸引力的上行空间，但没有保守意义上的安全边际。6 月至 9 月的这波上涨，已经通过更高的 EV/ACV 倍数把部分改善提前计入了价格。
对于持有期为三到五年的存量股东，穿越这轮会计口径转换继续持有是说得通的。若是新建仓位，我会要求价格明显更低，或者再多一层基本面上的风险排除：ACV 超出指引且留存率不走弱、Bunsen 有了可定价的贡献、领先临床项目拿到可信的合作，或者有明确证据表明合并现金消耗正在向 2028 年的目标收敛。
【公司画像评分】
- 基本面质量：中等
- 成长性：中等
- 护城河：强
- 财务稳健度：强
- 管理层可信度：中等
- 估值吸引力：中等
- 风险水平：高
- 适合的投资者类型：长期成长 / 事件驱动
【投资评级】
- 评级：持有
- 一句话论点：ACV 增长与资产变现依然真实，但正常化后的盈利为负，当前价格也不提供保守意义上的安全边际。
- 理想买入价格：见下方专门条目。
- 可接受持有价格：21–27 美元，依据是围绕 24.3 美元的基准 SOTP 上下约 ±15%，并做了保守取整。
- 明显高估价格：37–42 美元，起点约在 33.7 美元乐观 SOTP 之上 10%。
- 当前价格分类：落在三档区间之外；股价高于理想买入区，但刚好低于可接受持有区间。
- 是否等待更好价格：新建仓位是。若股价处在约 15 美元或以下，且 2026 财年 ACV 仍不低于 2.18 亿美元、留存率没有明显恶化，就能形成所需的保守安全边际。机会成本是错过由 BMS/Bunsen 采用或重大管线合作驱动的一轮重估。
- 目标持有期限：3–5 年
- 预期年化回报：保守情景约 -1%；基准情景约 8%；乐观情景约 21%，假设三年内收敛至情景价值，且不计税费、交易成本与进一步摊薄。
- 最大损失风险：约 40–50%，对应的事前验尸情景是 ACV 增速放缓至低个位数、2028 年 EBITDA 目标落空、现金明显下降，且软件估值压缩至 3–3.5 倍 ACV。
- 重估触发信号：2026 财年 ACV 低于 2.18 亿美元；商业端净留存率低于 95%；软件毛利率连续两个季度低于 70%；在没有清晰自我造血路径的情况下流动性资源低于 3 亿美元；或截至 2027 年，自有领先临床资产仍未取得实质性的合作进展。
【理想买入价格】13–15 美元 依据：较每股约 18.7 美元的保守 SOTP 至少低约 20%，上限端点四舍五入至最接近的可用整数美元，并以 ACV 论点保持成立为条件。
【估值区间】
- current: 19.02（2026-09-11 收盘）
- bear（保守 · 理想买入区）：[13, 15]
- base（合理 · 可接受持有区）：[21, 27]
- bull（乐观 · 明显高估线之上）：[37, 42]
当前股价落在买入区与持有价值带之间的空档中。这段空档是有意留出的：以 19 美元而非 15 美元买入，会牺牲掉保守安全边际的大部分，而基准 SOTP 仍指向上行空间。评级定为持有而非谨慎买入，是因为下行情形由估值倍数驱动，而这个倍数不需要出现任何灾难性的科学失败就可能被压缩。
研究层面的不确定性依然重大。最大的一项是 BMS 合同：范围有所描述，但期限、ACV 与定价都没有。第二项是 Bunsen：它仍处于早期试用阶段，没有披露独立的定价、收入或 ACV。第三项是私有投资组合的估值：Tectora 以及其余几项私有权益无法依据公开信息可靠计价。第四项是 rNPV：早期临床项目的概率高度非线性，合作经济条款假设上的微小变动会带来资产价值上很大的百分比变化。第五项是托管转型：ACV 给出了干净的需求信号，但公开披露不足以在部署结构不变的口径下重构一条经审计的反事实 GAAP 软件收入序列。
一手研究主要依赖 Schrödinger 的 2026 年第 2 季度业绩发布与 SEC 备案文件，以获取当前 ACV、分部收入、现金、Ajax 会计处理与业绩指引。2025 年全年业绩发布与年度备案文件提供了客户 KPI、托管占比数据、2028 年目标、现金流历史与投资组合披露。BMS 的发布稿提供了新的战略性软件部署的范围，Tectora 公告则提供了最新的分拆结构以及公司最新的「超过 7.5 亿美元」所得款项表述。历史财务与资本市场部分使用了公司发布稿、SEC 披露、IPO 公告以及经核验的历史股价数据。同业部分使用了 Certara、Recursion、Simulations Plus 与晶泰科技的当期公司披露，而非沿袭而来的机构评级。
本研报提及的其他标的
- CERT.US — 在科学软件与模型指导药物研发经济性方面最接近的上市对标。
- SLP.US — 专业仿真软件与服务同业，其尚待完成的每股 18.50 美元收购提供了一个交易估值锚点。
- RXRX.US — 在为计算药物发现管线的期权价值（而非软件）估值时，最接近的大型上市平台型生物科技对照。
- ABCL.US — AI 赋能的生物学发现平台，作为更广义的情绪面同业被提及，但并非接近的软件可比公司。
- ABSI.US — AI 赋能的蛋白质设计平台，作为更广义的计算生物科技同业被提及。
- RLAY.US — 基于结构的小分子药物开发商，与竞争格局中管线一侧相关。
- 02228.HK — 晶泰科技，一家由物理、AI 与自动化驱动的发现平台，体现了同样的「里程碑与底层增长」会计问题。
- LLY.US — 收购了 Morphic 与 Ajax，落定了两笔与 Schrödinger 相关的重要股权变现。
- BMY.US — 长期的药物发现合作方，也是 2026 年大规模战略性软件部署背后的客户。
本报告基于公开信息，不构成投资建议。市场有风险，投资需谨慎。